Hải âu cổ rụt Đại Tây Dương là một loài chim biển trong bộ Charadriiformes, thuộc họ Alcidae[4] Loài Cerorhinca monocerata và hải âu có quan hệ rất gần, tạo thành một tông Fraterculini.[5] Hải âu cổ rụt Đại Tây Dương là loài duy nhất trong chi Fratercula có mặt ở Đại Tây Dương. Hai loài khác phân bố ở đông bắc Thái Bình Dương là Fratercula cirrhata và Fratercula corniculata có quan hệ gần nhất với hải âu cổ rụt Đại Tây Dương.[6]

Danh pháp khoa học của chi Fratercula bắt nguồn từ tiếng Latinh trung cổ fratercula, friar, để chỉ màu lông vũ trắng và đen giống như áo choàng tu viện.[7] Tên loài arctica ám chỉ sự phân bố của chúng ở phía bắc, có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp "arktos", gấu, đề cập đến chòm sao phía bắc Great Bear.[8][9][10] Hải âu cổ rụt Đại Tây Dương có nghĩa là thói quen làm tổ của chúng ở khu vực này,[11] và dùng để chỉ loài Fratercula arctica theo Pennant năm 1768.[9][12]

Có 3 phân loài được công nhận gồm:[13]

• Fratercula arctica arctica
• Fratercula arctica grabae
• Fratercula arctica naumanni

Sự khác biệt duy nhất về hình thái của 3 phân loài bày là kích thước của chúng. Chiều dài cơ thể, cánh và kích thước của chúng tăng theo vĩ độ. Ví du, phân loài ở phía bắc Iceland (naumanii) nặng 650 gam (23 oz) và chiều rộng sải cánh 186 milimét (7,3 in) trong khi phân loài ở Froes (grabae) nặng 400 gam (14 oz) và sải cánh 158 milimét (6,2 in). Các cá thể ở phía nam Iceland (phân loài arctica) ở vĩ độ trung bình có kích thước nằm khoảng giữa hai phân loài trên.[14] Ernst Mayr cho rằng sự khác biệt về kích thước là Cline và điển hình của các biến thể được tìm thấy trong quần thể ngoại vi và không có phân loài nào được công nhận.[15]